Max3375 datasheet

Changes

2.0.0 (2019-11-25)

  • add uninstall handler to cleanup persistent utilites and generated behaviors
  • Fix GenericSetup import/export in python3
  • Use taxonomy default language for indexing if current language is not available
  • Make generated behaviors language independent
  • export selected taxonomies as ZIPed folder with XML files
  • Python 3 compatibility

1.5.0 (2018-10-18)

  • Fix controlpanel to show settings navigation
  • Memoize vocabulary lookup
  • Fix #53 when editing taxonomy data the first time
  • Update german translations
  • Add uninstall profile
  • When using “delete” option on import, clear any previous ordering.
  • Add support for specifying behavior field prefix.
  • The getTermByToken method now accepts an optional argument
    tail_only which if set, returns a message object where the title
    translates to the last path segment (the “tail” node).
  • Added new method makeTree on taxonomy vocabulary class which
    returns a term tree.
  • Support “slash” character in term title (issue #34).
  • When uploading a taxonomy there is now an option to purge the
    existing entries prior to processing.
  • Taxonomies are now assigned a persistent order. Taxonomies imported
    from VDEX now preserve the ordering of the input document.
  • Add new method iterEntries on taxonomy vocabulary class that
    provides a safe way to iterate over the path to identifier mapping
    (in order).
  • Vocabulary is a IVocabularyTokenized implementer.
  • updateBehavior method can now modify other attributes (and not only field_title).
  • Add explicit dependency on plone.api >= 1.5 which
    the api.portal.get_current_language api was introduced.
  • Add german translation
  • Mention Plone 5.0 and 5.1 compatibility
  • Enable choosing what fieldset to use for the behavior fields. Fallback to categorization,
    keeping backwards compatibility.
  • Change to no longer register example Test-taxonomy on install
  • Fix issue where taxonomy indexer adapter was not properly unregistered from
    the persistent local registry on taxonomy removal
  • Fix issue where public ++taxonomy++short_name -traverser for returning
    generator of (key, label) tuples for given taxonomy was broken

1.4.3 (2016-11-29)

  • Fix save action to work on Plone 5 (by reading portal url from
    body and adding X-CSRF-TOKEN for post requests
  • Fix BehaviorRegistrationNotFound error with Plone 5.0.6
  • Use lxml instead of elementtree
  • Rename fontello font to taxonomy to avoid clash with Plone 5 theme

1.4.2 (2016-11-08)

Fix save action in edit-taxonomy-data. This was a regression in 1.4.0, the
get parameter should be taxonomy, not form.widgets.taxonomy.

1.4.1 (2016-11-03)

  • Remove Save and Cancel buttons in controlpanel introduced 1.4.0.
  • Add missing upgrade step to create records in registry.

1.4.0 (2016-11-03)

  • Getting language by acquisition, indeed some Dexterity content has no language or empty language.
  • Fix empty context.REQUEST.get(‘form.widgets.taxonomy’). It add it into POST form.
  • Plone 5 compatibility
  • Use context language to find index.

1.3.0 (2016-07-07)

  • Fix index when taxonomy is added as field.
  • Now uses a React/Redux app to edit taxonomy data. It is now possible to edit
    the data in multiple languages and to compare between languages.
  • Fix index when taxonomy is added as field.
  • Now uses a React/Redux app to edit taxonomy data. It is now possible to edit
    the data in multiple languages and to compare between languages.
  • Add PATH_SEPARATOR constant to be able to use ‘/’ character in terms.
  • Add ++taxonomy++ -traverser to be usable with PloneFormGen
    dynamic field vocabulary overrides
  • prevent taxonomy reset on reinstall if you’ve defined a vdex xml file
    in your profile
  • Plone 5 compatibility

1.2.2 (2014-01-03)

Bugfix release

Fixed problem with registration of search citeria in collections, the previous
registration broke export feature of plone.app.registry. Upgrade step has been
added so please upgrade.

1.2.1 (2013-11-12)

Bugfix release, please upgrade

  • Using Schema from plone.supermodel. Fixes issue #6
  • Rewrote behavior creation routine. Fixes issue #5

1.2 (2013-11-12)

  • Add collective.js.jqueryui as dependency. Install it automatically.
  • i18n fixes,
    messages extraction script,
    french translation.
  • Fixed error in vdex import.
  • Avoid failure at export when no default language was selected.
  • Remove dependency form plone.directives
  • Added elementtree in dependencies

1.1 (2013-07-16)

  • Taxonomies can now be added without uploading a VDEX file.
  • Taxonomies can be exported/imported via GenericSetup again.
  • Single select fields are now possible again.

Examples

The call to get_taxonomies returns the registered taxonomies.

<?php $taxonomies = get_taxonomies(); ?>
<?php $taxonomies = get_taxonomies(); 
foreach ( $taxonomies as $taxonomy ) {
    echo '

‘ . $taxonomy . »;
}

?>

Output a list of all public custom taxonomies

This return all custom (not builtin) taxonomies.

<?php $args = array(
  'public'   => true,
  '_builtin' => false
  
); 
$output = 'names'; // or objects
$operator = 'and'; // 'and' or 'or'
$taxonomies = get_taxonomies( $args, $output, $operator ); 
if ( $taxonomies ) {
  foreach ( $taxonomies  as $taxonomy ) {
    echo '

‘ . $taxonomy . ‘

‘;
}
}
?>

Output a named taxonomy

This example uses the ‘object’ output to retrieve and display the taxonomy called ‘genre’:

<?php $args=array(
  'name' => 'genre'
);
$output = 'objects'; // or names
$taxonomies=get_taxonomies($args,$output); 
if  ($taxonomies) {
  foreach ($taxonomies  as $taxonomy ) {
    echo '

‘ . $taxonomy->name . ‘

‘;
}
}
?>

Параметры

Алгоритм разбиения — В данной реализации выбор недоступен, используется «Растущий нейронный газ».

количество кластеров для агломеративной кластеризации — количество промежуточных кластеров; для дивизивных алгоритмов — итерация, на которой процедуру разбиения следует остановить.

Иерархический алгоритм разбиения позволяет выбрать один из методов Иерархической кластеризации.

По результатом выбранного разбияния строится Дендрограмма, отображающая варианты разбиения для любого количества классов.

Рис. 1. Форма задания параметров для задачи Иерархическая таксономия

Reserved Terms

Avoiding the following reserved terms is particularly important if you are passing the term through the $_GET or $_POST array. Doing so can cause WordPress to respond with a 404 error without any other hint or explanation.

  • attachment
  • attachment_id
  • author
  • author_name
  • calendar
  • cat
  • category
  • category__and
  • category__in
  • category__not_in
  • category_name
  • comments_per_page
  • comments_popup
  • customize_messenger_channel
  • customized
  • cpage
  • day
  • debug
  • error
  • exact
  • feed
  • fields
  • hour
  • link_category
  • m
  • minute
  • monthnum
  • more
  • name
  • nav_menu
  • nonce
  • nopaging
  • offset
  • order
  • orderby
  • p
  • page
  • page_id
  • paged
  • pagename
  • pb
  • perm
  • post
  • post__in
  • post__not_in
  • post_format
  • post_mime_type
  • post_status
  • post_tag
  • post_type
  • posts
  • posts_per_archive_page
  • posts_per_page
  • preview
  • robots
  • s
  • search
  • second
  • sentence
  • showposts
  • static
  • subpost
  • subpost_id
  • tag
  • tag__and
  • tag__in
  • tag__not_in
  • tag_id
  • tag_slug__and
  • tag_slug__in
  • taxonomy
  • tb
  • term
  • theme
  • type
  • w
  • withcomments
  • withoutcomments
  • year

Перечни рангов

Перечни таких рангов, как и их названия, различаются в различных кодексах биологической номенклатуры.

Ботаника

В ботанике используются пять внутривидовых рангов (в порядке понижения уровня), хотя по мнению проф. Ю. Д. Соскова реальных только три (подвид, разновидность, форма):

  • подвид (лат. subspecies), у определённых видов часто отождествляется с географической расой, иногда с экологической; подвид подчиняется «закону дивергенции Чарльза Дарвина».
  • разновидность (лат. varietas), то же, что и экотип по Г. Турессону (1922) и Е. Н. Синской (1948), по В. Л. Комарову (1944) — топографическая разность, то есть экологическая раса, подчиняется Г. Ф. Гаузе. В одном ботанико-географическом районе, как правило, произрастает по несколько разновидностей (экотипов). В системе ВИР принято объединять близкие экотипы или сортотипы в группы экотипов или группы сортотипов (convarietas), что не противоречит Международному кодексу ботанической номенклатуры (2009)
  • подразновидность (лат. subvarietas).
  • форма (лат. forma), таксон отражает индивидуальную изменчивость. Смотри схему полиморфного дикого и культурного вида по степени эколого-географической обособленности таксона.
  • подформа (лат. subforma).

Формами называют, как правило, группы индивидуумов популяции, морфологические различия между которыми определяются незначительным числом наследуемых признаков (нередко единственным признаком). Например, единственным отличием формы Gymnocalycium mihanovichii var. friedrichii f. rubra от прочих растений, относящихся к этой разновидности, является красный цвет стебля. Формы, как таксоны индивидуальной изменчивости, подчиняются закону Харди — Вайнберга. Помимо этого, в индивидуальной изменчивости максимально проявляются закон гомологических рядов Н. И. Вавилова в наследственной изменчивости и три закона Менделя (Сосков, Кочегина, 2010 и др.). Для таксона forma характерно отсутствие географической и экологической определённости.

Зоология

В зоологии используются два внутривидовых ранга (в порядке понижения уровня):

  • подвид (лат. subspecies),
  • вариетет (лат. varietas).

Согласно современным положениям зоологической систематики (статья 16 МКЗН), термин «вариетет», предложенный после 1960 года, вообще исключается из зоологической номенклатуры. Описанные ранее (до 1960 года) вариететы и другие внутривидовые ранги после проведения новых таксономических ревизий, как правило, сводятся в синонимы (или, очень редко, признаются в подвидовом статусе).

Бактериология

В бактериологии также используются два внутривидовых ранга, но они оба имеют одинаковый уровень (являются альтернативными названиями):

  • подвид (лат. subspecies),
  • вариетет (лат. varietas).

О таксономиях

Слово «Taxonomy» пришло к нам, как всегда, из греческого: — расположение, — закон, принцип. Т.е. Таксономия — это принцип расположения чего-либо. Для WordPress — это принцип расположения записей.

Образно, таксономии можно сравнить с папками на компьютере: куда складываются файлы. Заходим в папку, видим список файлов. В WordPress аналогично: заходим в таксономию (рубрику), видим список записей в ней.

Структура контента в WordPress очень простая: контент состоит из записей и таксономий, которые связывают эти записи — по сути, это все! К контенту также относятся комментарии и файлы, но и то и другое является частью записи… Есть еще пользователи, но это как бы и не контент, а отдельная сущность. Вот и получается, что таксономии связывают только записи.

Стоит обратить внимание, что в WordPress «Таксономия» — это только название, т.е. таксономии как таковой не существует — есть только запись о её существовании

А что-то реальное в таксономии — это её элементы. Например, возьмем таксономию «Рубрики» () — это только название — запись в переменной PHP, а реальные данные таксономии — это созданные рубрики — её элементы. Например, если не создавать ни одной рубрики, то условно можно сказать, что таксономии нет (она пуста) — в базе данных она нигде не записана, а существует лишь в переменных PHP, где указано название таксономии и её свойства (опции), причем создается такая переменная налету во время генерации страницы. Записи привязываются именно к элементам таксономии, а не к самой таксономии. Так как записи связаны не с таксономией, а с её элементами, то и вся последующая работа с таксономией — это работа с её элементами.

Элементы таксономии называются . Для краткости так и будем их называть — термины.

Taxonomy

File

Four required columns, each column followed by tab — vertical bar — tab (even for the last column, which is unlike NCBI). The taxonomy build tool ‘smasher’ doesn’t require the vertical bars; they are optional although they should be either all present or all absent. But some other consumers of these files may still require the vertical bars.

A header row of column names is recommended, but not required (for ). If provided, it looks like:

All following rows are one row per taxon

Columns:

  1. — an identifier for the taxon, unique within this file. Should be native accession number whenever possible. Usually this is an integer, but it need not be.
  2. — the identifier of this taxon’s parent, or the empty string if there is no parent (i.e., it’s a root).
  3. — arbitrary text for the taxon name; not necessarily unique within the file.
  4. , e.g. species, family, class. Should be all lower case. If no rank is assigned, or the rank is unknown, put «no rank».

Example (from NCBI):

Optional additional columns:

  • : a human-readable string that is unique to this taxon, typically the taxon name if it is unique, or taxon name followed by «( in )» where rank is the taxon’s rank and ancestor is an ancestor that is unique to this taxon (among the taxa that have the same name). If the field is empty, the taxon name is already unique in the taxonomy.
  • : a comma-separated list of flags or markers. Usually these are generated by taxonomy synthesis and are used to decide whether a taxon is ‘hidden’ or not. For example, if there’s an ‘extinct’ flag then it may be desirable to suppress the taxon in an application. See here.

Example (from OTT) (long line):

Synonyms

Usually there are synonyms. These go into a second file, . This file must have a header row

The header is necessary because it designates the order of the columns, which can sometimes change. These are the four columns:

  • uid — the id for the taxon (from the taxonomy file) that this synonym resolves to
  • name — the synonymic taxon name
  • type — typically will be ‘synonym’ but could be any of the NCBI synonym types (authority, common name, etc.)
  • rank — currently ignored for taxonomy synthesis.

Example from NCBI:

Forwarding pointers

When two records are combined into one, as when a newly learned synonymy reveals that two names name the same taxon, one of the records’ ids is kept and the other one is retired. The file forwards.tsv lists all such retired ids and tells the records they were merged with.

The file format is a simple tab-separated file with two columns and a header row, e.g.

Reports

Taxonomies that are the output of smasher also contain a number of files to assist research into decisions made by smasher.

  • conflicts.tsv — gives details on conflicts between source taxonomies.
  • log.tsv — traces how node mappings were chosen, for a selected subset of nodes (the entire trace for all nodes would be way too big).
  • deprecated.tsv — lists ids that were retired in this version (but only for ids that occur as OTUs in phylesystem). Also lists ids that were not suppressed before, but are suppressed now.
  • a few others

Metadata

Overall metadata for the taxonomy is placed in a separate file. The metadata format is currently under development. generates this in JSON format as , but this file is currently not used programmatically, and is in the process of being overhauled. When generating a taxonomy according to this format in external tools, for now it is best to simply write a markdown or plain text file called (in the same directory as and ).

The metadata provided in the file should include the source of the taxonomy (article or database) as a URL and any other descriptive information that’s available. The purpose of the metadata is not just explanatory but also to explain how to check the correctness of the taxonomy against its source and make corrections and other improvements should the source be updated. When using information from changing sources (databases) the date or dates of retrieval should be recorded.

This page was originally part of the open tree wiki, and was transferred, since then maintained here on 2014-02-06.

Схема ресурса

Схема показывает все поля, которые существуют для объекта: поля объекта которые вернет запрос.

Параметр Контекст Описание
capabilitiesобъект Все возможности, используемые таксономией. Только для чтения.
descriptionстрока Описание таксономии. Только для чтения.
hierarchicalлогический Таксономия является иерархической или нет. Только для чтения.
labelsобъект Заголовки таксономии (различные названия). Только для чтения.
nameстрока Название таксономии. Только для чтения.
slugстрока Буквенно-цифровой идентификатор для таксономии. Только для чтения.
show_cloudлогический Должно ли быть показано облако элементов. Только для чтения.
typesмассив Типы, связанные с таксономией. Только для чтения.
rest_baseстрока Базовый путь REST API для таксономии. Только для чтения.

Описание маршрута

Запрос OPTIONS к маршруту вернет полное описание этого маршрута: эндпоинты их параметры, схему.

$ curl -X OPTIONS -i http://demo.wp-api.org/wp-json/wp/v2/taxonomies
{
    "namespace": "wp/v2",
    "methods": ,
    "endpoints": ,
            "args": {
                "context": {
                    "required": false,
                    "default": "view",
                    "enum": ,
                    "description": "Рамки в которых сделан запрос, определяют поля в ответе.",
                    "type": "string"
                },
                "type": {
                    "required": false,
                    "description": "Ограничить выборку таксономиями ассоциированными с определенным типом записи.",
                    "type": "string"
                }
            }
        }
    ],
    "schema": {
        "$schema": "http://json-schema.org/draft-04/schema#",
        "title": "taxonomy",
        "type": "object",
        "properties": {
            "capabilities": {
                "description": "Все возможности используемые таксономией.",
                "type": "object",
                "context": ,
                "readonly": true
            },
            "description": {
                "description": "Человекочитаемое описание таксономии.",
                "type": "string",
                "context": ,
                "readonly": true
            },
            "hierarchical": {
                "description": "Может ли таксономия быть родительской.",
                "type": "boolean",
                "context": ,
                "readonly": true
            },
            "labels": {
                "description": "Человекочитаемые метки таксономии для различных контекстов.",
                "type": "object",
                "context": ,
                "readonly": true
            },
            "name": {
                "description": "Название таксономии.",
                "type": "string",
                "context": ,
                "readonly": true
            },
            "slug": {
                "description": "Буквенно-цифровой идентификатор таксономии.",
                "type": "string",
                "context": ,
                "readonly": true
            },
            "show_cloud": {
                "description": "Должно ли быть показано облако элементов.",
                "type": "boolean",
                "context": ,
                "readonly": true
            },
            "types": {
                "description": "Типы ассоциированные с таксономией.",
                "type": "array",
                "items": {
                    "type": "string"
                },
                "context": ,
                "readonly": true
            },
            "rest_base": {
                "description": "базовый путь REST для таксономии.",
                "type": "string",
                "context": ,
                "readonly": true
            }
        }
    },
    "_links": {
        "self": "http://wp-test.ru/wp-json/wp/v2/taxonomies"
    }
}
$ curl -X OPTIONS -i http://demo.wp-api.org/wp-json/wp/v2/taxonomies/{taxonomy}
{
    "namespace": "wp/v2",
    "methods": ,
    "endpoints": ,
            "args": {
                "taxonomy": {
                    "required": false,
                    "description": "Буквенно-цифровой идентификатор таксономии.",
                    "type": "string"
                },
                "context": {
                    "required": false,
                    "default": "view",
                    "enum": ,
                    "description": "Рамки в которых сделан запрос, определяют поля в ответе.",
                    "type": "string"
                }
            }
        }
    ],
    "schema": {
        "$schema": "http://json-schema.org/draft-04/schema#",
        "title": "taxonomy",
        "type": "object",
        "properties": {
            "capabilities": {
                "description": "Все возможности используемые таксономией.",
                "type": "object",
                "context": ,
                "readonly": true
            },
            "description": {
                "description": "Человекочитаемое описание таксономии.",
                "type": "string",
                "context": ,
                "readonly": true
            },
            "hierarchical": {
                "description": "Может ли таксономия быть родительской.",
                "type": "boolean",
                "context": ,
                "readonly": true
            },
            "labels": {
                "description": "Человекочитаемые метки таксономии для различных контекстов.",
                "type": "object",
                "context": ,
                "readonly": true
            },
            "name": {
                "description": "Название таксономии.",
                "type": "string",
                "context": ,
                "readonly": true
            },
            "slug": {
                "description": "Буквенно-цифровой идентификатор таксономии.",
                "type": "string",
                "context": ,
                "readonly": true
            },
            "show_cloud": {
                "description": "Должно ли быть показано облако элементов.",
                "type": "boolean",
                "context": ,
                "readonly": true
            },
            "types": {
                "description": "Типы ассоциированные с таксономией.",
                "type": "array",
                "items": {
                    "type": "string"
                },
                "context": ,
                "readonly": true
            },
            "rest_base": {
                "description": "базовый путь REST для таксономии.",
                "type": "string",
                "context": ,
                "readonly": true
            }
        }
    }
}

Создание своих таксономий

Создается таксономия с помощью функции или соответствующего плагина, например, «Custom Post Type UI». При этом, как я уже говорил, в базу данных ничего не добавляется, а создается только описание таксономии и её свойств в глобальной переменной PHP и в правилах ЧПУ. Как только был создан хоть один элемент таксономии, в БД появляется запись о новом термине, а к нему уже можно прикрепить запись.

При создании таксономии, ей можно указать самые разные свойства (опции), например:

  • тип: древовидная или плоская.

  • тип записи для которой создается такса, тогда при редактировании записи в админке появится блок, где можно добавить запись в таксономию (связать запись с термином). Например таким блоком является блок рубрик при редактировании записи.

  • как будет выглядеть ссылка на элемент таксономии. Эта «хрень» называется ЧПУ (человеко-понятный УРЛ).

  • можно создать скрытую таксономию, тогда её нигде не будет видно, в частности в админке, но её можно использовать как-то нестандартно, чтобы группировать записи или делать что-то еще. Так например, плагины галерей связывают галереи или отдельные картинки.

  • другие параметры… Полный список смотрите в описании функции register_taxonomy().

Почему нужно создавать произвольные таксономии?

Если везде использовать Рубрики, то довольно быстро ваш код превратиться в кашу. В результате расширять функционал сайта будет все сложнее, а скорость работы будет все медленнее.

Предположим у нас есть сайт по недвижимости с типом записей — дома. Нам нужно распределить дома по месту, ценовой категории, количеству комнат и т.д. Все это можно реализовать с помощью стандартных рубрик и это очень просто: создаем рубрики: дешевые дома, дома в Воронеже, дома с 3 комнатами и т.д. С увеличением количества домов и рубрик для них, искать нужные рубрики будет сложнее, а с увеличением функций сайта все сложнее будет управлять всем этим — в результате будет путаница и банальные ошибки в заполнении и в коде.

В этом случае, новые таксономии в разы все упростят. Если у нас будут отдельные таксономии для каждой группы свойств, например: , , , то у нас появятся отдельные блоки при редактировании дома, в которых удобнее сориентироваться и выбрать куда что разместить, а также, можно будет создавать отдельные запросы по каждому типу свойства. Все это будет иметь отдельные названия, что упростит написание, понимание и скорость запросов.

Так может выглядеть запрос, когда нужно получить дешевые дома в Воронеже:

$houses = get_posts( array(
	 'posts_per_page' => 8,
	 'orderby'        => 'rand',
	 'post_type'      => 'houses',
	 'sale_price'     => 'cheap',
	 'location'       => 'voronej'
) );

А если тоже самое сделать с рубриками, то код получится больше, будет менее понятный и быстрый.

Создавать новые таксы — это часто удобно и выгодно, в конечном счете.

Принципы

в ГИС INTEGRO, иерархическая таксономия (иерархический кластерный анализ) — вид кластерного анализа, при котором кластеры, входящие в разбиение нижнего уровня, объединены в иерархическую структуру — некоторые два кластера объединяются в один (супер-)кластер более высокого уровня, и так до тех пор, пока не останется один кластер, в который входят все объекты. Таким образом, над кластерами разного уровня определено отношение включения. Различные срезы иерархии определяют «плоские» разбиения, которые сохраняются в ТОС как классовое свойство.

Алгоритмы иерархической кластеризации делятся на 2 типа: агломеративные и дивизивные.

Агломеративные алгоритмы начинают с такого разбиения множества объектов, где каждый объект входит в свой кластер, и все кластеры состоят из одного объекта, после чего кластеры объединяются согласно какому-либо принципу.

Дивизивные алгоритмы начинают с одного суперкластера, в который ходят все объекты, и разбивают его до тех пор, пока не останутся только кластеры, состоящие из одного объекта, или до выполнения какого-либо условия остановки.

В связи с тем, что алгомеративные алгоритмы имеют большую вычислительную сложность, в ГИС INTEGRO автоматически осуществляется предварительное разбиение объектов на промежуточные кластеры (таксоны) специально адаптированным для задачи алгоритмом К-средних или похожим. Соответственно, алгоритмы являются двухэтапными: на первом этапе происходит предварительная «плоская» кластеризация, а на втором — непресредственно иерархическая кластеризация.

wikispecies

lower level

pg  wt_wiki_page("https://species.wikimedia.org/wiki/Malus_domestica")
res  wt_wikispecies_parse(pg, types = "common_names")
res$common_names
#> ]
#> ]$name
#>  "Ябълка"
#> 
#> ]$language
#>  "български"
#> 
#> 
#> ]
#> ]$name
#>  "Poma, pomera"
#> 
#> ]$language
#>  "català"
#> 
#> 
#> ]
#> ]$name
#>  "jabloň domácí"
#> 
#> ]$language
#>  "čeština"

higher level

res  wt_wikispecies("Malus domestica")
res$classification
#> # A tibble: 8 x 2
#>   rank        name         
#>   
#> 1 Superregnum Eukaryota    
#> 2 Regnum      Plantae      
#> 3 Cladus      Angiosperms  
#> 4 Cladus      Eudicots     
#> 5 Cladus      Core eudicots
#> 6 Cladus      Rosids       
#> 7 Cladus      Eurosids I   
#> 8 Ordo        Rosales
res$common_names
#> # A tibble: 22 x 2
#>    name          language 
#>    
#>  1 Ябълка        български
#>  2 Poma, pomera  català   
#>  3 jabloň domácí čeština  
#>  4 Apfel         Deutsch  
#>  5 Aed-õunapuu   eesti    
#>  6 Μηλιά         Ελληνικά 
#>  7 Apple         English  
#>  8 Manzano       español  
#>  9 Pomme         français 
#> 10 Melâr         furlan   
#> # ... with 12 more rows

Агломеративные алгоритмы

На данный момент в ГИС INTEGRO реализованы следующие алгоритмы иерархической кластеризации: метод одиночной связи, центроидный взвешенный метод и метод Варда.

Метод одиночной связи — наиболее простой для понимания. Алгоритм итеративно выполняет следующие два пункта до тех пор, пока не останется один кластер, включающий все объекты:

1) Выбрать два кластера Si,Sj таких, что расстояние между ними, взятое по метрике одиночной связи, является минимальным среди всех возможных пар: (i,j) = argmini,j(dist(Si,Sj).

2) Поместить объекты из кластеров Si, Sj в новый кластер Sk, и не рассматривать кластеры Si и Sj в дальнейших итерациях.

Метрика одиночной связи выражает расстояние между двумя кластерами Si и Sj как минимальное евклидово расстояние между любыми парами объектов, такими что объекты из этих пар принадлежат различным кластерам: , где xp – вектор свойств объекта p.

Таким образом, строится ряд разбиений, где каждое следующее разбиение содержит на единицу меньше кластеров.

Взвешенный центроидный метод похож на метод одиночной связи, но метрика соответствует евклидовому расстоянию между центрами кластеров:

Взвешенность метода обозначает, что метрика взвешивается по количеству кластеров по следующей формуле:

Этот метод стремится объединять малые кластеры в большие, избегая создания одного большого кластера одновременно с большим количеством малых периферийных кластеров.

Метод Варда аналогичен жадному алгоритму (алгоритм, заключающийся в принятии локально оптимальных решений на каждом этапе, в надежде, что конечное решение также окажется оптимальным), минимизирующему внутригрупповую дисперсию. Метрика имеет следующий вид:

, где D[Si] имеет смысл дисперсии векторов признаков, принадлежащих кластеру, — интрагрупповая дисперсия. Метод имеет то же свойство, что и взвешенный центроидный метод, – избегание создания множества малых кластеров.

Метод полной связи имеет метрику следующего вида:

Метрика имеет смысл расстояния между двумя наиболее удалёнными объектами, принадлежащими кластеру.

Качественная характеристика внутривидовых рангов

Подвидом называется географически или экологически обособленная часть вида, организмы которой под влиянием факторов среды в процессе эволюции приобрели устойчивые морфофизиологические особенности, отличающие их от организмов других частей этого вида. В природе организмы, относящиеся к разным подвидам одного вида, могут свободно скрещиваться и давать плодовитое потомство.

Отличия между различными формами, относящимися к одной разновидности, обычно ограничиваются всего одним устойчивым признаком (например, окраской листьев).

При этом следует учитывать, что нет каких-либо точных критериев (определений), по которым организмы могут быть объединены в таксономическую категорию именно данного ранга.

Basic Example

<?php add_action( 'init', 'create_book_tax' );

function create_book_tax() {
	register_taxonomy(
		'genre',
		'book',
		array(
			'label' => __( 'Genre' ),
			'rewrite' => array( 'slug' => 'genre' ),
			'hierarchical' => true,
		)
	);
}
?>

Note: If you want to ensure that your custom taxonomy behaves like a tag, you must add the option ‘update_count_callback’ => ‘_update_post_term_count’. Not doing so will result in multiple comma-separated items added at once being saved as a single value, not as separate values. This can cause undue stress when using get_the_term_list and other term display functions.

Usage as module

Add as dependency to you :

$ npm install wikidata-taxonomy --save

The library provides:

  • const { queryTaxonomy } = require('wikidata-taxonomy')
    
    var options = { lang 'fr', brief true }
    queryTaxonomy('Q634', lang)
    .then(taxonomy => {
      taxonomy.concepts.forEach(concept => {
        var qid = concept.notation[]
        var label = (concept.prefLabel || {}).fr || '???'
        console.log('%s %s', qid, label)
      })
    })
    .catch(error => console.error("E",error))

    Options roughly equivalent command line :

    • boolean flags , , , , ,
      , , , ,
    • SPARQL endpoint configuration with , ,
    • language tag or
    • array (set to by default)
    • array or string
  • contains serializers to be called with a taxonomy, an output stream,
    and optional configuration:

    const { serializeTaxonomy } = require('wikidata-taxonomy')
    
    // serialize taxonomy to stream
    serializeTaxonomy.csv(taxonomy, process.stdout)
    serializeTaxonomy.txt(taxonomy, process.stdout, {colors true}) // FIXME
    serializeTaxonomy.json(taxonomy, process.stdout)
    serializeTaxonomy.ndjson(taxonomy, process.stdout)

Современные взгляды на таксономию

Математически таксономией является древообразная структура классификаций определённого набора объектов. Вверху этой структуры — объединяющая единая классификация — корневой таксон — которая относится ко всем объектам данной таксономии. Таксоны, находящиеся ниже корневого, являются более специфическими классификациями, которые относятся к поднаборам общего набора классифицируемых объектов[источник не указан 3527 дней]. Современная биологическая классификация, к примеру, представляет собой иерархическую систему, основание которой составляют отдельные организмы (индивидуумы), а вершину — один всеобъемлющий таксон; на различных уровнях иерархии между основанием и вершиной находятся таксоны, каждый из которых подчинён одному и только одному таксону более высокого ранга. Одна из наиболее фундаментальных проблем таксономии состоит в определении способа бытия таксона.

Термины «таксономия» и «систематика» нередко используют как синонимы, но в строгом смысле таксономия является лишь частью систематики. Обычно в биологии систематику трактуют как раздел знаний о разнообразии организмов и взаимоотношениях между ними, а таксономию как раздел науки, изучающий принципы, методы и правила классификации. Основная задача биологической таксономии — создание иерархической системы соподчинённых рангов, которое служит для построения естественной классификации организмов.

wikicommons

lower level

pg  wt_wiki_page("https://commons.wikimedia.org/wiki/Abelmoschus")
res  wt_wikicommons_parse(pg)
res$common_names
#> ]
#> ]$name
#>  "okra"
#> 
#> ]$language
#>  "en"
#> 
#> 
#> ]
#> ]$name
#>  "مسكي"
#> 
#> ]$language
#>  "ar"
#> 
#> 
#> ]
#> ]$name
#>  "Abelmoş"
#> 
#> ]$language
#>  "az"

higher level

res  wt_wikicommons("Abelmoschus")
res$classification
#> # A tibble: 15 x 2
#>    rank       name            
#>    
#>  1 Domain     Eukaryota       
#>  2 unranked   Archaeplastida  
#>  3 Regnum     Plantae         
#>  4 Cladus     angiosperms     
#>  5 Cladus     eudicots        
#>  6 Cladus     core eudicots   
#>  7 Cladus     superrosids     
#>  8 Cladus     rosids          
#>  9 Cladus     eurosids II     
#> 10 Ordo       Malvales        
#> 11 Familia    Malvaceae       
#> 12 Subfamilia Malvoideae      
#> 13 Tribus     Hibisceae       
#> 14 Genus      Abelmoschus     
#> 15 Authority  " Medik. (1787)"
res$common_names
#> # A tibble: 19 x 2
#>    name             language
#>    
#>  1 okra             en      
#>  2 مسكي             ar      
#>  3 Abelmoş          az      
#>  4 Ibiškovec        cs      
#>  5 Bisameibisch     de      
#>  6 Okrat            fi      
#>  7 Abelmosco        gl      
#>  8 Abelmošus        hr      
#>  9 Ybiškė           lt      
#> 10 അബെൽമോസ്കസ്        ml      
#> 11 Абельмош         mrj     
#> 12 Abelmoskusslekta nn      
#> 13 Piżmian          pl      
#> 14 Абельмош         ru      
#> 15 موري             sd      
#> 16 Okrasläktet      sv      
#> 17 Абельмош         udm     
#> 18 Chi Vông vang    vi      
#> 19 黄葵属           zh

NDJSON format

Option serializes JSON field with one record per line. The order if records is same as in txt, json, and csv format but each concept is only included once.

CSV and TSV format

CSV and TSV format are optimized for comparing differences in
time. Each output row consists of five fields:

  • level in the hierarchy indicated by zero or more «» (default) or «»
    characters (multihierarchy).

  • id of the item. Items on the same level are sorted by their id.

  • label of the item. Language can be selected with option .
    The label in csv format is quoted.

  • sites: number of connected sites (Wikipedia and related project editions).
    Larger numbers may indicate more established concepts.

  • parents outside of the hierarchy, indicated by zero or more «» characters.

$ wdtaxonomy -f csv Q634
Ссылка на основную публикацию